一百年前,神奇宝贝们在沙漠之城的“迪沙陆市”爆发战争,遭到严重破坏,据说此战由一只神奇宝贝发端,但某人封印这只神奇宝贝,此都其后东山再起。
为了成为神奇宝贝大师,小智一行人继续着旅行。旅途中,他们到达了沙漠之中的神奇宝贝中心。正在吃着甜甜圈休息的时候,背后出现了谜之光轮。接着从光轮中伸出了手,夺走了甜甜圈,小智与皮卡丘紧紧抓住这只手,然后他们被吸入了光轮。就这样光轮消失了,留下了呆住的莎莉娜、希特隆和柚丽嘉…。
从光轮中飞出了小智与皮卡丘。小智对景色突然的变化感到困惑。远方可以看到很大的塔,小智与皮卡丘原来通过光轮,瞬间移动到了这次旅行的目的地迪沙陆市。两位就遇到来自阿尔刻之谷的少女玛黎,胡巴就开始使种东西“出现”。喜欢恶作剧的胡巴把小智和皮卡丘称呼为“小痴”和“皮喀”,不过他们之后成为好朋友。
抵达迪沙陆市时,小智他们跟玛黎的哥哥巴尔札相遇,他手上有一瓶壶,据说封印了那只神奇宝贝的“束缚之壶”,这瓶壶也开始撒发邪恶的气氛,然后就突然启封,一只拥有同样气氛的神奇宝贝出现!原始固拉多、原始盖欧卡、帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳和酋雷姆也都出现,城镇处于危险。
为了保护城市,胡巴以自己的光轮使更多传说中的神奇宝贝“出现”, 小智一行与胡巴以及那些能传说中的神奇宝贝够保护迪沙陆市吗?光轮有何种秘密的力量?这只神奇宝贝的正体是?小智、皮卡丘以及胡巴的冒险开始了!
《神奇宝贝剧场版:光轮的超魔神胡巴》的别名有:Pokémon the Movie XY: Ring no Chomajin Hoopa。